生産指示を作成する時に、元々マスタで登録していた設備とは違う設備を使うように指示内容を変更できるか？

対応可能です。

マスタであらかじめ標準の設備を登録することができますが、PCの生産指示画面で生産指示ごとに後から自由に設備を変更することが可能です。